蛋白酶是一类执行蛋白质水解功能的酶，通过水解连接氨基酸的肽键将蛋白质消化或裂解成更小的肽或氨基酸，是体内催化蛋白水解反应的关键酶。大多数蛋白酶已经进化到通过许多不同的机制来执行这些反应，并在动物、植物、细菌、古细菌和病毒中均有发现。蛋白酶参与蛋白质加工、蛋白质功能调节、细胞凋亡、病毒致病、消化等许多重要过程。

蛋白酶主要包括丝氨酸/苏氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸和金属蛋白酶家族，越来越多的研究证明蛋白酶不仅成为药物开发的有吸引力的目标，而且是工业应用和生物医学研究尤其是蛋白质组学不可或缺的工具。