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在CML患者癌细胞中，22号染色体和9号染色体长臂会发生易位，那条缩短的22号染色体即费城染色体。费城染色体的形成会导致22号染色体上的BCR基因和9号染色体上的ABL基因发生重组，形成BCR-ABL1融合基因。在95%的人类慢性骨髓性白血病（CML）和部分（20%-30%）急性淋巴细胞白血病（ALL）中存在BCR-ABL1突变。
BCR-ABL1融合基因形成后，其不受控的酪氨酸激酶活性是导致CML发病的最主要原因。BCR-ABL1二聚化导致BCR部分Y177的自磷酸化，这是GRB2/ GAB2/SOS复合物的对接点，它激活了多种信号通路，包括PI3K/ AKT和MAPK。ABL1部分的激酶结构域也会通过激活JAK2和直接磷酸化STAT5来激活JAK/ STAT途径。常规酪氨酸激酶活性受到了严格的控制，不会突然失控；但BCR-Abl蛋白则不受其他分子的控制，一直处于活跃状态，不断激活下游蛋白，导致细胞分裂失控，引发癌症。尽管下游涉及的通路十分复杂，但所有下游通路几乎都依赖于BCR-ABL1 的酪氨酸激酶活性，这对针对BCR-ABL1 研发相关酪氨酸激酶抑制剂至关重要。
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